剧情梗概:大结局
  马沙拉城的小智,今年刚刚10岁,与母亲相依为命。在马沙拉城,每个人到了10岁都会获得领养小魔怪的执照,并可以从小魔怪专家奥基特博士那里领养一只小魔怪。要成为一流的小魔怪指导员,就必须踏上修行的旅途,接受各种考验。 谁知,在出发的当天,小智就因为睡懒觉耽误了时间,比其他人晚了一步,好不容易从博士那里领来了没人要的皮卡丘,谁知这个小家伙既难照料,又特别固执。 要成功就必须依靠团队的力量和默契,于是,小智与皮卡丘从此开始了艰辛的冒险旅程……

分集剧情:
第1集 新的大地!新的冒险!!

  以神奇宝贝大师为目标,小智与皮卡丘来到未知的新天地--丰缘地方旅行。然而皮卡丘的状况却不大对劲。为了让发高烧呻吟不止的皮卡丘得到治疗,小智与丰缘地方出名的神奇宝贝博士,小田卷博士取得连络。原来皮卡丘是受到之前火箭队的攻击影响,体内累积大量的电气,再恶化下去搞不好会发生爆炸。于是吸取皮卡丘体内的电气治疗马上展开,但是皮卡丘太过庞大的电气能量却引发机械发生爆炸!意识不清的皮卡丘就这样逃到外面。小智与小田卷博士也马上紧追上去…。差不多这时候,住在丰缘地方的小遥正踩单车往小田卷博士的方向来,打算拿最初的神奇宝贝以踏上神奇宝贝训练家之旅。个性开朗、活蹦乱跳的小遥一知道博士不在研究所,也马上追了出去。到底逃出研究所的皮卡丘是否平安无事?!小智要怎样克服在新天地突然遭逢的危机呢?

第2集 古代神奇宝贝与神秘军团!

  小智与皮卡丘在丰缘地方展开新的冒险之旅。由于诸多原因,为了与新人神奇宝贝训练家小遥一起登录参加丰缘联盟,正往神奇宝贝中心所在的古辰镇前进。小遥对神奇宝贝的用法依然很生疏,一路上可用手忙脚乱来形容。最后勉强来到神奇宝贝中心的一行人,从在中心研究古辰遗迹的梅兹博士那里听到有关古代神奇宝贝之谜的故事。据说博士最近已解开该谜题。也就在这个夜里,数个男人突然出现把梅兹博士与小智等人掳走。这些神秘男子的目的到底是什么?古辰遗迹到底隐藏着什么秘密?

第3集 橙华道馆对抗过动猿!

  小智等人完成参加登录丰缘联盟的手续,为了挑战在丰缘地区的第一场道馆比赛,意气风发的向橙华市前进。可是小遥一到橙华市,就好像有意避开道馆似的,在街头跑得不见人影,留下小智一人敲橙华道馆的大门。应门的是一位向往神奇宝贝训练家的小男孩。一看到小智就提起小智在城都联盟中战斗上的错误。小智听得很不高兴,放话要对方找道馆训练家,男孩说自己就是道馆训练家…这下子小智在丰缘地方最初的道馆比赛到底会如何发展呢?

第4集 傲骨燕多多!危险多多!在橙华森林收服它!

  小遥的弟弟小胜也一起加入小智的旅行。不管怎样,一行人热热闹闹的向附近最近的神奇宝贝道馆所在地卡那兹市前进。森林中小智等人遇到燕子神奇宝贝的傲骨燕,受到争地盘的傲骨燕群袭击。不服输的傲骨燕受到皮卡丘的十万伏特电击,就是死也不肯服气。小智等人被傲骨燕军团包围,陷入大危机。此时跳出来搭救一行人的,竟是在常盘市告别的小刚!脱离危机后,小智等人都很高兴这次的再会,小遥与小胜也很快的与新同伴打成一片。但是那时候,看上傲骨燕的傲气的火箭队,又打算利用傲骨燕来捕捉皮卡丘的作战计划,到底小智他们有办法解决吗?

第5集 蛇纹熊与短裤少年!小遥的第一场战斗!

  以卡那兹市为目的地而持续旅行的小智等人在森林遇到大得离谱的豆狸神奇宝贝蛇纹熊。其实那是穿着短裤、想接触大自然、套着神奇宝贝布偶想了解神奇宝贝的心情的古怪少年--阿奇变装的姿态。虽然阿奇由于小智等人的关系没有抓到蛇纹熊,不过正打算到橙华道馆挑战的他,得知小遥是道馆训练家的女儿,便趁此机会向小遥提出对战的要求。小遥接受挑战,然而还是初学者的她,自然很快的输掉这场比赛。阿奇因此而说橙华道馆太容易打赢了,而后得意洋洋的跑去抓蛇纹熊。小遥心不甘愿,但也只能在心里抱怨。但是弟弟小胜却吞不下这口气。认为对方可以轻视小遥,就是不可以轻视道馆训练家的父亲。于是独自一个人采取个别行动,到底事情会怎么收场呢?

第6集 火箭队!疯狂乱抓,再见了!

  前往卡那兹市的小智等人来到一座森林。听说最近这一带目无法纪的神奇宝贝盗猎者很猖狂。由于发现了盗猎者使用的捕获网的一部份,小智等人遂加入帮忙逮捕犯人。这时火箭队照惯例的挖掘捕捉皮卡丘的地洞,偶然发现盗猎者抓到的大量有毒神奇宝贝阿柏蛇与瓦斯弹。由于长期以来的好搭挡阿柏怪与双弹瓦斯都是由阿柏蛇与瓦斯弹进化而来,对这两种神奇宝贝有深切感情的火箭队,决定将这群神奇宝贝放出来,自己收下。但是这个行动被盗猎者阿隆发现,火箭队的阿柏怪与双弹瓦斯也成了被狙击的目标!面对使用实力强大的神奇宝贝的阿隆,火箭队完全无反抗能力!他们是否有办法保住长期合作的伙伴阿柏怪与双弹瓦斯呢?火箭队还会有白色的未来吗?

第7集 木守宫之森!保护巨大树!

  旅行途中,小智在森林遇到以前就很在意的森林蜥蜴神奇宝贝木守宫,马上兴奋的想加以收服,但是却不小心从山坡上滚下去。与小遥等人走失的小智,滚到了枯萎而神秘的巨树附近。受其存在感而靠近的小智遇到一只木守宫攻击。虽然有皮卡丘可以应战,但还是被木守宫敏捷的身手给压制住。幸好在几只木守宫的介入下,才结束了这场莫名奇妙的战斗。那些木守宫是来带走这只不肯离去独居的木守宫的。木守宫们被这只顽固不肯离去的木守宫而深感头痛。唯有小智支持一心一意要照顾巨大树的木守宫。这时候,火箭队企图大量补捉木守宫,想连森林的树木也一起夺走!到底小智与木守宫是不是能守住巨大树呢?

第8集 饭匙蛇对抗木守宫!必杀的拍击攻击!

  小智一行人在森林公园用餐。这是旅行中最快乐的时间之一。但是有个黑影躲在草丛中专门瞄准这快乐的时刻。原来是毒蛇神奇宝贝饭匙蛇想要偷走食物。小遥的神奇宝贝火稚鸡被耍了一招,食物还被抢了。不过小智的木守宫很快的以漂亮的身手又将食物抢了回来!可是,愤怒的饭匙蛇的反击也让木守宫的右手受了重伤。紧急送去神奇宝贝中心治疗后虽然没什么大碍,但是木守宫无法接受自己被饭匙蛇打败,而一个人悄悄离开神奇宝贝中心。他想一个人找饭匙蛇做个了结。在火箭队费尽心机想收服饭匙蛇的情况下,木守宫赌上尊严的第二回合比赛即将开始!

第9集 怪奇!怪奇蘑蘑菇大宅之谜?

  前往卡那兹市的旅途,小智等人穿越广大的森林,终于来到睽违已久的城镇。一伙人分成二组行动,享受都市生活的乐趣。小智带着小胜想先去吃饭,在街头发现因害怕躲在巷中发抖的蘑菇神奇宝贝-蘑蘑菇。蘑蘑菇最初对小智等人深怀戒心,不过很快的就对温柔呵护自己的两人打开心扉。小智对本来应该住在森林的野生蘑蘑菇为何会在城市出现,感到很不可思议,想将蘑蘑菇带往神奇宝贝中心。途中经过一栋老旧的房子前面时,蘑蘑菇突然跑进大宅子里面!于是小智等人慌张的追了上去。同时,在街上购物的小遥与小刚听到了镇上被诅咒的大宅院的谣言…到底蘑蘑菇是发生什么事了呢?那个大宅子里面到底有什么东西在呢?

第10集 史上最强的大嘴鸥出现!

  旅行途中,小智等人发现一所号称拥有「世界最强的神奇宝贝」的民间道馆。虽然「世界最强」一词令人怀疑,但一行人仍兴致勃勃的敲起道馆大门。里面走出来的是少年安东尼与水鸟神奇宝贝大嘴鸥。小智马上与这个人展开对战,可是水系神奇宝贝的大嘴鸥口中,竟然使出草系的绝招,连火焰系的绝技也跑出来!这些不合常理的绝招变化,把木守宫、傲骨燕纷纷打倒。皮卡丘是勉强打成平手,可是也是两败俱伤的局面。小智带三只神奇宝贝到神奇宝贝中心治疗时,火箭队在想弄到大嘴鸥的过程中,偶然发现最强的神奇宝贝大嘴鸥那千变万化的绝招秘密,进而立了阴谋想大赚一笔。到底,世界最强的神奇宝贝的秘密是什么呢?

第11集 大狼犬跟土狼犬,进化的神秘

  旅行途中、小智等人误入神奇宝贝保护区、在那里遇到一位叫做可莉的女人与「紧咬神奇宝贝」大狼犬。他们是守护这个保护区不被盗猎者侵害的神奇宝贝保护官。一行人都以钦佩的眼光注视拥有厉害的大狼犬与保护官、医生资格的可莉。但是在大狼犬之中,有一只是没有进化的土狼犬。听说牠是与其它大狼犬同时期出生的,可是不知道为什么,只有这只土狼犬的进化很迟缓。从没目睹神奇宝贝进化的小胜,闹着要看土狼犬的进化,坚持要留下来。不得已,一行人只好在这里停留一阵子…。就这样,小胜鲁莽的土狼犬进化大作战开始了!

第12集 莲叶童子和花店的三姐妹

  旅行的途中,小智等人在歇息的湖边结识了「浮萍神奇宝贝」莲叶童子与花店三姐妹典子、玲子、奈绪子。一行人拜访他们的店铺﹑享用好吃的果子料理、热烈谈论起对神奇宝贝有各种效果的果实。三姐妹中最年幼的奈绪子似乎喜欢上了小刚。由于小刚一句想看看果实中少见的香柚之果,奈绪子竟然独自到森林里去寻找!森林天黑后容易迷路。小智等人急忙出发去寻找奈绪子,但是偏偏这个时候火箭队想要捕抓这些莲叶童子,小智他们能保护湖泊的和平吗?

第13集 神奇宝贝华丽大赛,狩猎凤蝶的华丽战斗!

  小智等人为了挑战在丰缘地方的第一场道馆比赛,以卡那兹市为目标前进。在卡那兹市附近还有一个特殊场所,卡那兹中心,那里正在举办神奇宝贝华丽大赛。这与依靠实力来决胜负的一般对战不同,比的是绝招的华丽度与神奇宝贝本身的成长情况。一行人很感兴趣的想要参加,可惜大会已经报名截止。但是,在刚认识的参赛者惠美与英二的好意邀请下,一行人得以助手身份出场。不止如此,以前曾参加这个比赛的火箭队的武藏,也会出场?!对这项比赛抱有浓厚兴趣的小遥兴奋不已,别开生面、精采的神奇宝贝大赛现在即将开始!!

第14集 双打比赛,捕捉刺尾虫!

  小智等人在森林深处轻快的前进。越过这座森林,就是第一个目的地卡那兹市了。此时忽然出现一只竽虫神奇宝贝,刺尾虫。小遥在先前的华丽大赛中迷上了狩猎凤蝶的美丽,所以就兴致勃勃的想捕捉可以进化成凤蝶的刺尾虫,然后细心培育,使其进化。由于太专注于追逐,不知不觉留下了小智等人,走入了森林的深处。另一方面,在大会上得到惨痛经验的火箭队,也想捕抓可以进化成凤蝶的刺尾虫。这两组都想得到刺尾虫的人马,在森林中不期而遇。想得到华丽的狩猎凤蝶的小遥,与火箭队展开争夺刺尾虫之战。到底,小遥能不能打赢这场比赛?刺尾虫到底会落入谁手呢?

第15集 用功!神奇宝贝训练家学校!

  以卡那兹市为目标的小智一行人,终于来到卡那兹市。立刻与道馆训练家兼神奇宝贝训练家学校老师的杜鹃认识,不过,与训练家战斗前,必须学习关于神奇宝贝各种各样的事。从入门班、竞赛班、博士班,对学校的教育内容制定,都是学生高兴决定的。尤其是小胜,由于校长的好意,将用一天的时间体验这个入门班所有的事。与神奇宝贝无法接触的孩子,和小胜激起竞争,小胜的神奇宝贝训练家学校一日体验开始了! 第16集 卡那兹道馆!朝北鼻的秘密武器!

  小智等人到达卡那兹市。向丰缘地方第一场道馆挑战赛的日子终于到了。从以前就对比赛绝招华丽度的神奇宝贝华丽大赛有兴趣的小遥,下定决心参加华丽大赛,放弃到道馆挑战比赛。这次成了小智一个人的挑战。为了对抗擅长使用高防御力的岩石系神奇宝贝的道馆训练家杜娟,小智与皮卡丘苦练对岩石系效果优越的绝招「钢铁尾巴」。然而,无法随心所欲使出该绝招的皮卡丘还是陷入了苦战。在杜娟的岩石神奇宝贝朝北鼻的强烈攻击下,皮卡丘到底能不能及时使出新绝招「钢铁尾巴」呢?!

第17集 得文制造股份有限公司!!水舰队的身影!!

  打赢了卡那兹道馆的比赛,小智一行人的心早就飞向下一个目的地武斗道馆。等待搭船到武斗岛的期间,一行人决定在卡那兹市分开来自由行动一阵子。小胜在街上认识了从衣服到食品、什么都生产的梦幻公司,得文制造股份有限公司的社长,兹伏奇。喜欢小孩的兹伏奇很欣赏小胜,带小胜到总公司参观,让小胜对一个又一个的新发明大开眼界。这时候,两人发现伪装成社员的可疑男子,展开了跟踪。同一时间,研究所内因为遭窃而一阵骚动。东西是这个男人偷走的吗?他的真实身份究竟是什么?

第18集 哈奇老人与长翅欧--小皮!!

  小智一行人想搭上每个月只有几班船的联络船到武斗岛。但是由于小遥的疏失,赶不上最近的班船。小遥为了负起责任,到处寻找开往武斗岛的船只,认识了退休的老船员哈奇。哈奇老人自愿送一行人到武斗岛。但是,等小遥带大家过来时,哈奇老人的态度却是180度大转变,冷淡的赶走一行人。百思不解的一行人,从君莎小姐那里听来令人担忧的消息。上次躲在得文公司的水舰队的人,听说就躲在这附近,打算与同伴会合。企图在海上与同伴会合的水舰队的男子,与拥有私人船只的哈奇老人的变化,二者似乎有某种关联。一行人抱着这样的想法,赶紧回到哈奇老人的地方。到底,哈奇老人与水舰队之间有什么样的关系?小智等人是否能够抓住水舰队呢?

第19集 逃离巨牙鲨之岛!!

  为了出席下一场道馆的战斗,小智一行人乘着哈奇老人的小船朝着武斗岛移动。可是一行人却来到了无人岛,小遥和小胜跑到了海中玩水,却突然遭到一大群「凶暴神奇宝贝」巨牙鲨的包围,但幸好被皮卡丘救回了性命。夜晚,一行人在海边用餐,发现了几只巨牙鲨徘徊在岸边,一行人不以为然。隔早,莲叶童子被巨牙鲨咬了去,才发现巨牙鲨已经受了伤,小刚彻夜照顾牠。突然!!火箭队又出现了,将皮卡丘抓了去!!小智能将皮卡丘救出吗??他们能逃离这座岛吗??

第20集 武斗道馆!冲浪的道馆训练家藤树登场!

  为了尽快得到丰缘地方的第二个道馆徽章,小智等人来到道馆门口。然而,道馆训练家藤树却拒绝小智的挑战,跑出去冲浪。斗志高昂的小智气不过去,一直纠缠着藤树,最后终于如愿以偿。小智认定藤树是只晓得玩冲浪的吊儿啷当的人物,所以对这场比赛充满了自信。可是面对小智来势汹汹的攻击,藤树的神奇宝贝却运用冲浪中练出来的身手,很轻松的就化解小智的攻击。小智急得失去判断情况的能力,依然采用硬攻的方式,结果…

第21集 刺尾虫对决!哪边会赢呢!?

  在武斗道馆之战里面,小智被道馆训练家藤树打倒,感受到自己实力的不足,决定在武斗岛暂时修行一段时间。然而在那个时候,出现了企图夺走小智等人的神奇宝贝的火箭队!小智等人好不容易将火箭队赶跑,但是回过神来却注意到,小遥的刺尾虫跟火箭队的刺尾虫在混战中弄混了!刺尾虫是小遥第一次收服,细心照料的神奇宝贝,想到自己的刺尾虫被迫与卑鄙的火箭队待在一块儿,小遥就非常的不安。忍住盈眶的泪水,小遥拼命奔走寻找火箭队…。

第22集 大吾,可可多拉,波士可多拉!

  为了武斗道馆而继续旅行了小智一行人,正在商讨着大吾的事情而来到了「岩石洞窟」,却意外掉入了火箭队所设下的陷阱。但是那个时候,周围的地面却陷了下去。一行人和火箭队一起掉进的洞穴的最深处。而在小胜的周围,皮卡丘和喵喵聚在一起。好像所有人都分散了。小智、小刚、小次郎在一起,而小遥和武藏在一起,寻找出口的活动开始了.「铁铠神奇宝贝」可可多拉就居住在这危险的洞穴里,争吵不停的3组联合起来,能逃出洞窟吗!?小智能和大吾相遇吗!?

第23集 海边的狂暴者,龙虾小兵登场!

  小智一行人,在武斗岛边架设帐篷,继续着神奇宝贝的修行。那个时候,沙中突然出现的未知生物,袭击了小智一行人。打算捕获牠的小智,却因为牠的强大力量,而失败了。而且那个生物,还把帐篷给弄倒了。被吓到的小智,燃起的捕获谜的生物的欲望,决定揭发未知生物的原形。静静等待的夜晚的到来。于是当天晚上,未知生物还是出现了!!小智能顺利捕获未知生物吗!?

第24集 跑吧小智!穿越利牙鱼之河!

  加入了新伙伴「无赖神奇宝贝」龙虾小兵,小智一行人持续着在武斗岛的旅行和学习。在与火箭队的战斗中,龙虾小兵却发烧了。龙虾小兵得回到神奇宝贝球里,但是,神奇宝贝球放在露营的帐篷内。小智打算到神奇宝贝中心请求支持,于是背起龙虾小兵开始跑!但是,到神奇宝贝中心得经过的河却没有桥。而且,这河里还居住了很多「野蛮神奇宝贝」利牙鱼...小智能够打败这些利牙鱼吗!?

第25集 秘密之水池!好多的水跃鱼!?

  为了打败武斗道馆的道馆训练家藤树,持续旅行的小智一行人,把锻炼自己和寻找珍奇的神奇宝贝当为目标,而来到了一座沼泽。一行人和「沼鱼神奇宝贝」水跃鱼以及沼泽的主人认识。不管什么,来到这里的都得将初学者用的蛋送回培育的地方?向来以打工谋生的小刚倍感兴趣,这时打算夺走水跃鱼的火箭队出现了!然后管理水量的控制器却出了问题,水跃鱼群们被大量的水冲走了!!到底小智一行人得怎样面对这个危机!?并且保护水跃鱼群们呢!?

第26集 长鼻叶族的袭击

  在某个洞窟做修行的小智等人,不小心激怒了在洞窟睡觉的大声神奇宝贝吼爆弹。在急于逃离吼爆弹追打的情况下,小智等人居然与皮卡丘他们走失了。而此时,勉强逃到外面的皮卡丘等神奇宝贝也拼命的想寻找小智。神奇宝贝们虽然受伤了,还是以出去远足的心情往森林前进。但是,突然的,四周响起奇特的草笛声。皮卡丘他们像中了催眠术一样,开始在同样的地方打转起来。神奇宝贝们的身上是出什么事了?!还有,这个吹草笛的,到底是谁??

第27集 火岩队对抗水舰队,秘密基地的战斗!

  以突破武斗道馆为目标,而持续修行的小智等人,在某个洞窟里面发现了少年和辉的秘密基地。和辉生气想赶跑小智等人。在旁偷窥的火箭队想篡夺和辉的秘密基地,却突然出现神秘的一队人马,火岩队,占据了这个基地。火岩队在秘密基地内开始挖洞,挖到很深的地方时,火箭队看火岩队的情况,认定此地必有宝物,遂在后头紧跟上来。而从和辉口中得知详情的小智等人,为了抢回洞窟,又折返回来…

第28集 狩猎凤蝶与毒粉蝶!进化之后!

  小智等人今天依然在武斗岛努力修行。企图抢走一伙人的神奇宝贝的火箭队,又跑来闹事。在格斗中,小遥的「蛹神奇宝贝」甲壳蛹进化成「蝴蝶神奇宝贝」狩猎凤蝶了!!其进化令小遥高兴极了。然而,火箭队的武藏却不高兴极了。因为她所疼爱的蛹神奇宝贝盾甲茧一点要进化的迹象也没有。败给小智等人之后,武藏也燃起了竞争意识,对盾甲茧展开特训,偏偏盾甲茧实力太强,火箭队的人所拥有的神奇宝贝根本不是它的对手。为了让重要的盾甲茧进化,武藏只好寻找厉害的神奇宝贝来磨练,以再度向小智等人挑战。

第29集 勾魂眼的惊奇

  今天小智等人依然在武斗岛继续修行。个性火爆的问题专家,龙虾小兵的行为使大家有点头痛。小智想训练龙虾小兵的合作精神,决定到废弃的金矿里去玩试胆游戏。他想吓吓龙虾小兵,使它乖一点。扮演鬼怪的小遥与小胜埋伏在金矿中,龙虾小兵不知情的进去了…。另一方面,火箭队为了寻宝来到金矿里面,受到眼光发亮的某个东西的攻击!!那是真正的妖怪吗?小遥与龙虾小兵的命运将会如何呢?

第30集 格斗少女与玛沙那!暴风雨之中!!

  为了再次挑战武斗道馆的道馆训练家藤树而持续修行的小智等人,遇到自称藤树头号弟子的格斗少女小忍的挑战!!虽然她自称是头号大弟子,但是如同过去的小智,小忍只是一昧的使出力量来猛攻。相较于小忍,经过修行的小智在化解攻势时就显得很稳重。但是,藤树却突然插进来为决斗喊停。原来他是来提醒一行人,台风已经来到附近了。在天气越来越恶劣的情况下,大伙儿勉强逃避到附近的洞窟。在这时候,藤树的一番告白,「面对强大的力量,不要勉强出头,想法子渡过去也是很重要的」听到藤树这番话,小忍回顾自己的战斗方式,似乎有所领会的样子…